案例：
唐唐公司是一家製造工具機並出售的老公司，因為業績不錯，廠區及辦公區因應擴大而搬遷過幾次。民國105年5月國稅局在查核唐唐公司營利事業所得稅時，要求唐唐公司提供100年5月到同年10月期間的會計憑證以供查核。唐唐僅提出帳簿，但銷售的發票存根卻已遺失，只好向顧客索取發票收執聯的影本來充當銷售憑證。後來國稅局以唐唐公司違反稅捐稽徵法第44條規定，而處罰唐唐公司這段期間未保存憑證總金額新臺幣1千萬元的5%罰鍰計50萬元。唐唐公司不滿，主張其已提出發票收執聯影本，為什麼還要被罰？
答：
唐唐公司的主張有道理，因為唐唐公司的帳簿記載明確，也沒有逃漏稅捐的問題，而且在國稅局進行裁處之前已經提出與發票存根相當的證明，應當不是稅捐稽徵法第44條規定要裁處5%行為罰的處罰範圍。
稅捐稽徵法第44條之所以規定，交易雙方有義務給與、取得及保存憑證，違反者就會被處以憑證總額5%罰鍰的立法目的，是為了讓交易前後手的稽徵資料能夠確實，建立正確課稅憑證制度。如果營利事業確實已經給與或取得憑證，而且帳簿記載明確，縱使憑證的正本因故遺失，營利事業已提出相當的證明，就已經符合上開立法目的，而沒有違背保存憑證的義務，自然不應該被處罰。
財政部84年7月26日台財稅字第841637712號函釋規定，營利事業未依法保存憑證，須於未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，取得與原應保存憑證相當之證明者，始得免除相關處罰，已經被司法院大法官在97年5月9日以釋字第642號解釋認定違憲，從解釋公布之日起不再援用。
所以國稅局不能以銷售的發票存根遺失而處罰唐唐公司喔！(109年5月編寫)
相關法規：
稅捐稽徵法
第44條
(第1項)營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與，應自他人取得憑證而未取得，或應保存憑證而未保存者，應就其未給與憑證、未取得憑證或未保存憑證，經查明認定之總額，處百分之五罰鍰。但營利事業取得非實際交易對象所開立之憑證，如經查明確有進貨事實及該項憑證確由實際銷貨之營利事業所交付，且實際銷貨之營利事業已依法處罰者，免予處罰。
(第2項)前項處罰金額最高不得超過新臺幣1百萬元。
財政部84年7月26日台財稅字第841637712號函
主
旨：××資訊股份有限公司遺失已開立之統一發票存根聯，雖於稅捐稽徵機關查獲前自動報備，惟如未取得與原應保存憑證相當之證明，尚不得適用稅捐稽徵法第48條之1規定免罰。請查照。
說
明：
一、依據本部賦稅署案陳××資訊股份有限公司84年2月14日彙稅○○二號申請書及貴處84年5月15日 84 北市稽工 (甲) 字第57206號函辦理。
二、納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，凡屬未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，依稅捐稽徵法第48條之1條規定，各稅法所定關於逃漏稅之處罰及同法第41條至第45條之處罰一律免除。揆其免除第44條至第45條行為罰之立法意旨，在於行為罰係對納稅義務人不正當履行或怠於履行其作為義務，致影響稅捐稽徵所予之處罰，是納稅義務人如於未經檢舉及調查前，已自動履行其作為義務，而不影響稅捐之稽徵時，即不再處罰，以鼓勵自新。營利事業應保存憑證而未保存，如於未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，取得與原應保存憑證相當之證明者，既已不影響稅捐之稽徵，依同法第48條之1規定，得免除相關處罰。至所稱與原應保存憑證相當之證明，依營利事業所得稅查核準則第14條但書規定認定，係指取得買受人簽章證明與其所持有之憑證相符之影本，或經原出具憑證之營利事業簽章證明與其自留之存根聯相符之影本，或保留自行蓋章證明之扣抵聯影本以及統一發票經核定添印副聯，其副聯已送稽徵機關備查，並經取具該稽徵機關之證明者。
三、本案××資訊股份有限公司所遺失之已開立統一發票存根聯，於檢舉或稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，如經查未依前開規定取得與原應保存憑證相當之證明者，仍應依稅捐稽徵法第44條規定處罰。
稅捐稽徵法第44條規定營利事業依法應保存憑證而未保存者，應就其未保存憑證經查明認定之總額，處百分之五罰鍰。營利事業如確已給與或取得憑證且帳簿記載明確，而於行政機關所進行之裁處或救濟程序終結前，提出原始憑證或取得與原應保存憑證相當之證明者，即已符合立法目的，而未違背保存憑證之義務，自不在該條規定處罰之列。於此範圍內，該條有關處罰未保存憑證之規定，與憲法第23條比例原則及第15條保護人民財產權之意旨尚無牴觸。
財政部中華民國84年7月26日台財稅字第841637712號函示，營利事業未依法保存憑證，須於未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，取得與原應保存憑證相當之證明者，始得免除相關處罰，其與本解釋意旨不符部分，自本解釋公布之日起，應不予援用。
