案例：
小謝經營一家科技公司，在申報民國104年3月至4月營業稅時，因為會計人員的疏失，將已經開立的100萬元銷售發票與50萬元的進貨發票一併漏未申報，以致漏報銷售額，同時進貨發票也未扣抵。經轄區的國稅局查獲，除了核定補徵5萬元(100萬元×5%)的營業稅外，並按所漏稅額5萬元處0.5倍的罰鍰計2.5萬元。小謝不服氣，跟國稅局抗議當期還有50萬元的進貨發票可以扣抵銷項稅額，為什麼不能扣抵？小謝的主張有沒有理由？
答：
小謝的主張沒有理由。因為人民有依法納稅的義務，是憲法第19條所明定，營業人也要依加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）申報並繳納營業稅。營業稅是一種消費稅，由最終消費者負擔營業稅，我國加值型營業人採申報制度，由營業人將消費者所負擔的營業稅加上產品價格開立銷貨發票(含銷項稅額)，並將下游廠商所給與的產品進貨發票(含進項稅額)，定期一併向國稅局申報、繳納或留抵營業稅。營業人如果有「短報或漏報銷售額」的情形，依營業稅法第51條第1項第3款規定，除追繳稅款外，按所漏稅額處5倍以下罰鍰，並得停止其營業。
上開所謂漏稅額，依營業稅法施行細則第52條第2項第1款規定係「以經主管稽徵機關依查得之資料，核定應補徵之應納稅額為漏稅額。」而主管機關財政部就如何認定「短報或漏報銷售額」的漏稅額，作成89年10月19日台財稅字第890457254號函示（下稱系爭函），其說明三提到：「又依營業稅法第35條第1項規定，營業人不論有無銷售額，應按期填具申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。準此，營業人之進項稅額准予扣抵或退還，應以已申報者為前提，故營業人違反營業稅法第51條第1款至第4款及第6款(註)，據以處罰之案件，營業人如於經查獲後始提出合法進項憑證者，稽徵機關於計算其漏稅額時尚不宜准其扣抵銷項稅額。」
簡單來說，依這個函釋規定，准予扣抵的進項稅額，以納稅義務人已經依同法第35條第1項規定申報者為限，納稅義務人在查獲短報或漏報銷售額後才提出的合法進項稅額憑證，不得依同法第15條第1項規定作為扣抵的依據，而應依所查得的銷項資料及已申報的進項稅額計算應納稅額。
系爭函經司法院釋字第660號解釋認為，符合營業稅法第35條第1項、第43條第1項第4款及第51條第3款(現行第51條第1項第3款)的立法意旨，與憲法第19條的租稅法律主義沒有牴觸。所以，小謝的科技公司還是要乖乖的依國稅局的補稅及裁罰處分繳款才對喔！(109年1月編寫)
註：100年1月26日營業稅法修正增列第51條第2項，原1至7款的內容修正列在第1項第1至7款。
相關法規：
憲法
第19條
人民有依法律納稅之義務。
營業稅法
第15條第1項
營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額。
第35條第1項
營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額，應以每2月為1期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。
第43條第1項第4款
營業人有下列情形之一者，主管稽徵機關得依照查得之資料，核定其銷售額及應納稅額並補徵之：
四、短報、漏報銷售額。
第51條第1項第3款
納稅義務人，有下列情形之一者，除追繳稅款外，按所漏稅額處5倍以下罰鍰，並得停止其營業：
三、短報或漏報銷售額。
營業稅法施行細則
第52條第2項第1款
本法第51條第1項第1款至第6款之漏稅額，依下列規定認定之：
一、第1款至第4款及第6款，以經主管稽徵機關依查得之資料，包含已依本法第35條規定申報且非屬第19條規定之進項稅額及依本法第15條之1第2項規定計算之進項稅額，核定應補徵之應納稅額為漏稅額。
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財政部中華民國89年10月19日台財稅字第890457254號函，就加值型及非加值型營業稅法施行細則第52條第2項第1款有關如何認定同法第51條第3款漏稅額之規定，釋示納稅義務人短報或漏報銷售額，於經查獲後始提出合法進項稅額憑證者，稽徵機關於計算其漏稅額時不宜准其扣抵銷項稅額部分，符合該法第35條第1項、第43條第1項第4款及第51條第3款之立法意旨，與憲法第19條之租稅法律主義尚無牴觸。
