案例：
兩津未依規定申請商業營業登記及稅籍登記，就以烏龍派出公司名義做起買賣瓶裝茶的生意，經國稅局查獲後，兩津才提出先前買進貨物的統一發票，要國稅局把核認銷售貨物的銷項稅額扣減他提出買進貨物發票所含的進項稅額來計算漏稅額。國稅局依財政部89年10月19日台財稅字第0890457254號函釋規定，以兩津未依規定申請稅籍登記就營業，沒有依規定開立銷貨發票按期申報銷貨及進貨憑證資料，而在查獲後才提出進貨發票憑證，所含進項稅額不准扣抵本次經查獲的漏稅額。兩津認為進項稅額本來就可以扣抵銷項稅額，國稅局不給扣減本次漏稅額是違反加值型營業稅法之規定，兩津的主張有無理由？
答：
我國的加值型營業稅是採稅額相減法，就是銷售貨物的銷項稅額可以扣減買進貨物取得發票所含的進項稅額，並採按期申報銷售貨物銷售額、銷項稅額和買進貨物所含進項稅額憑證，據以計算當期應納或溢付營業稅額。財政部89年10月19日台財稅字第0890457254號函釋，營業人的進項稅額准予扣抵銷項稅額，應以已申報為前提，營業人如果於經查獲漏開發票後才提出合法進項憑證，稽徵機關在計算漏稅額時不宜准許扣抵銷項稅額。上開函釋亦經司法院釋字第700號解釋，符合加值型營業稅按週期（每兩個月申報一次）課徵，並能自動勾稽之整體營業稅法立法目的，並未增加營業人法律上所未規定的義務，於憲法第19條的租稅法律主義尚無牴觸。所以營業人銷售貨物當期銷項稅額可以扣減的進項稅額，是要以已依規定申請稅籍登記的營業人取得營業上進貨或使用勞務的合法發票憑證，且要在申報期限內檢附向稅捐稽徵機關申報才行於申報當期扣減。
本案例兩津未依規定申請稅籍登記，就開始營業而沒有開立銷貨發票，經國稅局查獲後才提出先前進貨的發票，因為這些發票還沒有作申報，國稅局在計算前揭漏開銷貨發票的漏稅額時，依前段說明，自不宜准其扣抵被查獲所漏的銷項稅額，所以針對本案計算漏稅額，兩津的主張是無理由的。但另依財政部94年12月15日台財稅字第09404585510號函釋，嗣若烏龍派出公司依規定申請營業稅籍登記後，前述兩津所提出的進貨發票如經查明確實是烏龍派出公司營業上的進貨，該發票所含的進項稅額應准該公司在後來提出申報那一期扣抵該期銷項稅額。
相關法規：
加值型及非加值型營業稅法
第15條第1項
營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額。
第35條第1項
營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額，應以每2月為一期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。
第43條第1項第3款
營業人有下列情形之一者，主管稽徵機關得依照查得之資料，核定其銷售額及應納稅額並補徵之：
三、未辦妥稅籍登記，即行開始營業，或已申請歇業仍繼續營業，而未依規定申報銷售額。
第51條第1項第1款
納稅義務人，有下列情形之一者，除追繳稅款外，按所漏稅額處五倍以下罰鍰，並得停止其營業：
一、未依規定申請稅籍登記而營業。
加值型及非加值型營業稅法施行細則第29條
本法第四章第一節規定計算稅額之營業人，其進項稅額憑證，未於當期申報者，得延至次期申報扣抵。次期仍未申報者，應於申報扣抵當期敘明理由。但進項稅額憑證之申報扣抵期間，以十年為限。
財政部89年10月19日台財稅第0890457254號函：
「三、又依營業稅法第三十五條第一項規定，營業人不論有無銷售額，應按期填具申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。準此，營業人之進項稅額准予扣抵或退還，應以已申報者為前提，故營業人違反營業稅法第五十一條第一款至第四款及第六款，據以處罰之案件，營業人如於經查獲後始提出合法進項憑證者，稽徵機關於計算其漏稅額時尚不宜准其扣抵銷項稅額。」
財政部94年12月15日台財稅字第09404585510號函：
「二、有關加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第 51 條第 1款至第 4 款及第 6 款據以處罰案件，營業人如於經查獲後始提出合法進項憑證者，稽徵機關計算漏稅額可否准予扣抵銷項稅額乙節，本部 89 年 10 月 19 日台財稅第 890457254 號函已有明釋，請仍依該函釋規定辦理。
三、另按營業稅法第 33 條規定，營業人以進項稅額扣抵銷項稅額者，應具有載明其名稱、地址及統一編號之憑證；惟營業人開始營業前，未依同法施行細則第 36 條規定向主管稽徵機關申請統一編號者，其所取具之進項憑證尚無法符合前述營業稅法之規定，基於實質課稅原則，其取得之進項憑證如經查明確係為營業上使用或勞務，應准予核實申報扣抵銷項稅額。」
司法院釋字第700號 【未辦營業登記短漏營業稅處罰案】
對未依規定申請營業登記而營業者，系爭函綜合營業稅法第15條第1項、第33條、第35條第1項、第43條第1項第3款、第51條第1款及營業稅法施行細則第29條、第52條第2項第1款等規定，限以取得合法進項憑證，且依規定期限申報者，始得據以扣抵銷項稅額，符合加值型營業稅按週期課徵，並能自動勾稽之整體營業稅法立法目的，亦無違於依法履行協力義務之營業人得將營業稅轉嫁消費者負擔之經濟意義及實質課稅之公平原則，不使未依法履行協力義務之營業人，亦得與依法履行協力義務之營業人立於相同之法律地位，致破壞加值型營業稅立基之登記及申報制度。故系爭函以經稽徵機關循前開規定核定之應納稅額為漏稅額，並據以計算漏稅罰，並未增加營業人法律上所未規定之義務，於憲法第19條之租稅法律主義尚無牴觸。
